Иоанн Афанасьевич Мельников родился 11 (или 15) января 1895 г. в с. Малая Уса Пермской губ. Окончил начальную сельскую школу.
В 1915-1918 гг. – рядовой царской армии (запасной полк г. Ирбит).
В 1918-1919 гг. – псаломщик в Белой армии (при штабе Воткинской дивизии).
В 1919-1922 гг. – псаломщик кафедрального собора в г. Владивостоке.
В 1922 г. рукоположен в сан диакона, в 1926 г. – во священника к храму с. Н.-Биллеановка Приморского края.
В 1922-1926 гг. – диакон кафедрального собора г. Владивостока.
В 1926-1941 гг. – священник в с. Н.-Биллеановка.
В 1929-1931 гг. – находился в заключении в г. Владивостоке и в г. Саранды.
В 1924 и 1932 гг. был судим по ст. 58-10 и выслан в Нарын, оттуда – в Алма-Ату.
Служил в Пермском Никольском храме (на Слудке), привлечен к уголовной ответственности по делу архимандрита Александра (Толстопятова) в 1936 г. Приговорен к 5 годам лагерей.
В 1931-1941 гг. служил в Свято-Троицком соборе в Перми. Участник Великой Отечественной войны.
В 1941-1943 гг. - бондарь райпромкомбината г. Добрянки.
В 1943-1944 г. – рядовой стройбата г. Нытвы.
С 9 сентября 1944 г. по 4 февраля 1951 г. – священник Свято-Троицкого собора г. Молотова.
С 4 марта 1951 г. по 24 сентября 1952 г. – священник Всехсвятской кладбищенской церкви г. Молотова.
С 24 сентября 1952 по 1970 г. – второй священник Свято-Троицкого собора г. Молотова.
В 1970 г. вышел за штат. Состоял членом Пермского епархиального совета.
В 1966 г. Святейшим Патриархом Алексием I был награжден митрой. Обладал хорошим голосом (высокий тенор) и нередко принимал участие в клиросном пении.
Отец Иоанн Мельников скончался 27 июня 1978 года после продолжительной тяжелой болезни. По благословению архиепископа Пермского и Соликамского Николая (Бычковского) отпевание совершил настоятель кафедрального собора г. Перми архимандрит Иоанн (Чувызгалов) с городским клиром. Надгробное слово произнес настоятель Всехсвятского храма – протоиерей Михаил Лукканен. Погребен на Южном кладбище г. Перми.
